從20世紀(jì)60年代起，工業(yè)潔凈技術(shù)得到迅速發(fā)展和完善，工業(yè)潔凈室在宇航、電子、光學(xué)、精密機械等領(lǐng)域廣泛應(yīng)用。人們發(fā)現(xiàn)在工業(yè)潔凈室里，空氣中微生物的重量和灰塵的含量同樣得到了控制。因此，采用空氣潔凈技術(shù)，過濾掉空氣中的塵粒，同時也就除去了微生物粒子。于是開始嘗試?yán)霉I(yè)潔凈室進(jìn)行一些要求無菌環(huán)境的實驗。美國宇宙 航天局（NASA）zui早對現(xiàn)代生物潔凈室進(jìn)行了一系列的工作，zui的例子就是1962年桑第阿公司（Sandier Corporation）的懷特菲爾德（Whitefield）和勒夫累絲研究所（Lovelace Foundation）的克累潑（Clapper）協(xié)作完成的ICR中,由外科醫(yī)生維特卡潑(Whitcomb)進(jìn)行了升入對太空的狗的手術(shù)的實驗。同時人們對塵菌共存的機理進(jìn)行了研究后確認(rèn)，空氣中的細(xì)菌主要來自土壤，或者是來自人和動物的機體等，并隨著灰塵、液滴、及皮屑、毛發(fā)等被傳播，而且液滴與灰塵中細(xì)菌所需要的營養(yǎng)，離開了營養(yǎng) ，除形成芽孢，細(xì)菌是不可能生存的。此外，一般來說，室內(nèi)的灰塵越多，細(xì)菌也同樣附著于液滴、灰塵，借助于液滴、灰塵作為生存和傳播的媒介，因為病毒無完整的酶系統(tǒng)，不能單獨進(jìn)行物質(zhì)代謝，不能在無生命培養(yǎng)基礎(chǔ)上生長，有嚴(yán)格的寄生性，必須寄生在某種活細(xì)胞內(nèi)才能生長繁殖，與其依*生存的物質(zhì)結(jié)合緊密。也就是說，對空氣中液滴、灰塵進(jìn)行控制的同時，必然使附著于液滴與灰塵上的微生物也得到控制。
與此同時，為了控制術(shù)后感染，國外對手術(shù)室的無菌化進(jìn)行了多方面的研究。例如，1961年左右R•羅彼特設(shè)計了在風(fēng)機出口有多個殺菌燈的裝置，空氣經(jīng)過殺菌后進(jìn)入室內(nèi)，手術(shù)室一般采用頂棚全面送風(fēng)，換氣次數(shù)約15次/時，循環(huán)風(fēng)量為75%，此方法在一些手術(shù)室和無菌室中應(yīng)用。
1965年開始了對層流式BCR手術(shù)室的研究工作，1966年1月在Whitcomb主持下，世界上*個“層流式”BC手術(shù)室，在美國新墨西哥州的Albuguergue市的巴頓紀(jì)念病房（Bataan）建成。這也是BCR技術(shù)開始應(yīng)用于醫(yī)療事業(yè)的zui早實例。
英國的Whightington醫(yī)院的整形外科醫(yī)生D•J•Charley從1959年開始應(yīng)用股關(guān)節(jié)全置換手術(shù)，到1970年完成了5000例以上的這類手術(shù)。Charley為防止空氣感染多次進(jìn)行空調(diào)裝置的改進(jìn)，zui后建成了與垂直層流相類似的稱之為潔凈小室（Clean Room）型的BC手術(shù)室，于1966年6月投入使用。此后Charley方式的BCR由英國的Howroth公司定型生產(chǎn)。
1966年美國污染控制協(xié)會（AACC）發(fā)表了《層流手術(shù)室的設(shè)計與建造》、《層流潔凈空氣在外科領(lǐng)域的應(yīng)用》，1967年發(fā)表了《醫(yī)院手術(shù)室與潔凈室內(nèi)微生物污染等級的比較》等重要資料，在當(dāng)時對指導(dǎo)BCR在醫(yī)院的應(yīng)用起到很好的作用。
為了防止急性白血病患者的并發(fā)感染，對建立無菌室進(jìn)行了各種嘗試。1961年前后開始使用Bubble型隔離器（Bubble Type Isolation）。美國明尼蘇達(dá)大學(xué)（Minisuta University）的水平層流無菌室于1966年完成，實驗獲得成功。1967年的得克薩斯州的M•D•安得遜醫(yī)院是的BC白血病治療室。
歐洲大陸zui早的層流式BCR是1967年建在奧地利里茲市的急救醫(yī)院。
1970年瑞士的薩加內(nèi)州立醫(yī)院的整形外科主任Weber主持建成了由茲魯茨阿公司制造的Ailopro式垂直層流BC實驗室。
1971年林的英階魯醫(yī)院的Muller采用魯羅公司的垂直層流BCR進(jìn)行了人工關(guān)節(jié)手術(shù)。
日本的BCR發(fā)展迅速，到20世紀(jì)70年代中期，所建造的數(shù)量等于德國、英國、瑞士、法國等歐洲國家設(shè)置點數(shù)，BCR的前身是無菌動物培育設(shè)備，從20世紀(jì)40年代末、20世紀(jì)50年代初開始研究，1951年名古屋大學(xué)官川教授等完成了M51型飼育隔離裝置，其中空氣的無菌是采用高溫法。
1965年3月，由日本公共衛(wèi)生設(shè)計的動物實驗中央研究室建成了SPF動物私育室，這是日本zui早采用過濾器的生物潔凈室。1966年，日本關(guān)西工場的SPF動物飼育室大規(guī)模使用了過濾器，它們在流型上都是 亂流式（turbulent mixed flow）。
1970年10月愛知縣職工醫(yī)院有 山田一正博士主持建成了白血病患者治療室。他是用ICR的裝配式垂直層流過濾器單元組成。此后，1972年國立大阪南院的整形外科主任敷田博士主持建成了BCR的垂直層流過濾器單元式BC手術(shù)室。至此，BCR已達(dá)131個。
我國生物潔凈室起步較晚，1978年一些制藥廠對原有空調(diào)系統(tǒng)進(jìn)行了改造，開始采用生物潔凈技術(shù)，1980年簡易型水平層流空調(diào)凈化機組用于黑龍江省醫(yī)院，裝配式無菌病房用于上海新華醫(yī)院。1981年研制成功生物安全工作臺，哈爾濱松江罐頭廠建成了甜煉乳、番茄醬和培根的無菌裝罐室。
1985年國家醫(yī)藥局頒發(fā)了中國zui早的GPM，此后的10年多中，全國的制藥企業(yè)技術(shù)改造不斷深化。通過大量的工程實踐，生物潔凈技術(shù)相關(guān)的材料、設(shè)備、工藝日益完善，為推廣應(yīng)用至醫(yī)療衛(wèi)生、食品和化妝品等相關(guān)行業(yè)奠定了基礎(chǔ)。
20世紀(jì)80年代中期解放軍總醫(yī)院康復(fù)樓無菌手術(shù)部、上海長征醫(yī)院無菌手術(shù)室、上海華山醫(yī)院、中國醫(yī)學(xué)科學(xué)研究院和天津血液研究所無菌病房等項目的建設(shè)，標(biāo)志了生物潔凈技術(shù)在我國醫(yī)學(xué)界進(jìn)入了實踐階段。